Д-р Мустафа Гюндогар е възпитаник на Университета Мармара, Факултет по дентална медицина, випуск 2005 г. Той посещава програма за следдипломно обучение по ендодонтия, предлагана от Института по здравни науки към Университета Мармара, и завършва докторска степен по ендодонтия през 2011 г. В момента работи в Катедрата по ендодонтия, Факултет по дентална медицина в Медиполския университет, Истанбул, Турция като асоцииран професор от 2020 г.

Областите на интереси на д-р Гюндогар са; кинематичните свойства на никел-титаниевата пила, устойчивостта на циклична умора на Ni-Ti ротационни системи и най-новите тенденции в ендодонтската иригация. Д-р Гюндогар е един от изобретателите на първата патентована в Турция никел-титанова реципрочна пила. Той работи в Изследователския център за регенеративна и възстановителна медицина (REMER) от 2020 г. и се фокусира основно върху изкуствения интелект, регенеративната ендодонтия и лазерната технология в ендодонтията.

Д-р Мустафа Гюндогар е известен лектор и често е канен на големи национални и международни конференции в Турция. Публикувал е повече от 50 оригинални научни статии в национални и международни рецензирани и индексирани списания. Д-р Гюндогар работи като рецензент за много индексирани международни списания. Участвал е в много национални и международни конгреси, симпозиуми, курсове и конференции.

Д-р Гюндогар е активен член на Турската дентална асоциация (TDB), Турското ендодонтско дружество (TED), Европейското дружество по ендодонтология (ESE).